De voorvaderenvan de huidige Indonesiërs kwamen vele eeuwen voor Christus uit Yunnan (Zuid-China), Laos en Vietnam. Hoe het Hindoeïsme en Boeddhisme het land binnenkwamen en de animistische bevolking hebben beïnvloed, is nog altijd niet duidelijk. Het begon waarschijnlijk rond de eerste eeuw na Christus. Misschien namen Indonesisische handelsvorsten boeddhistische- en brahmapriesters uit india mee om aan hun macht een sacraal tintje te kunnen geven, net als in India. Het is ook mogelijk dat de priesters meekwamen met Indiase handelaren. Hoe dan ook, deze religies waren in eerste instantie vooral godsdiensten van de koninklijke hoven. Pas langzaam drongen ze door in leven van de bevolking, maar nooit onvoorwaardelijk. Het kaste-stelsel bijvoorbeeld kreeg in Indonesië geen voet aan de grond.
Op de Midden-Javaanse vlakten heersten tussen 8e en 10e eeuw de Boeddhistische Shailendra dynastie en de Hindoeïstische Mataram dynastie. Ze bouwden tempels van een verbijsterend hoog niveau, zoals de Boeddhistische Borubudur en het Hindoeïstische complex Prambanan. Tegen het einde van de 10e eeuw verhuisde het centrum van macht van Centraal naar Oost-Java. Het koninkrijk Majapahit, gesticht op Oost-Java in 1293, strekte zich op het hoogtepunt van zijn macht uit over Java, Bali en Madura, en onderhield relaties met tal van landen. Majapahit was het laatste belangrijke koninkrijk dat nog voornamelijk Hindoeïstisch georiënteerd was, het begon aan het einde van de 14de eeuw in verval te raken en stortte aan het begin van de 16de eeuw ineen.
Op dat moment hadden tal van onder-koninkrijkjes zichzelf al tot onafhankelijke moslimstaten verklaard. Dat was overigens lang nadat, vanaf de 7e eeuw, Arabische handelaren vestigingen in Noord-Sumatra hadden gesticht. De eerste mosliminscripties op Java dateren van de 11de eeuw. Uiteindelijk, in de 15de en 16de eeuw, bekeerden Javaanse heersers zich tot de islam en werd dit staatsreligie. Het gebeurde allemaal op vreedzame wijze. De islam werd bovenop de mix van hindoe- en animistische overtuigingen geplaatst en dat is eigenlijk nog steeds zo.
Al die tijd was Java uitgesproken feodaal. Het volk moest belasting aan de koning betalen en was verplicht diensten te verlenen aan de dorpshoofden en edelen, de priyayi-klasse. Lang voor de komst van de Nederlanders had deze klasse al een ijzeren greep op de bevolking. Uitbuiting was aan de orde van de dag.
Toen in de zestiende eeuw de Europeanen kwamen, troffen zij een wisselende verzameling koninkrijken aan, die af en toe met elkaar in oorlog waren. De Portugezen, die in 1511 de belangrijke Maleisische stadstaat Melaka (Malacca) veroverden, begonnen in de zestiende eeuw handel te drijven op de Molukken. In 1596 arriveerde een Hollandse expeditie onder leiding van Cornelius de Houtman in Banten, West-Java. Nadat andere expedities waren gevolgd, werd Jan Pieterszoon Coen de stichter van het Hollands imperium in Indië. Op laaghartige wijze verwoestte hij in 1619 Jayakarta, dat een paar jaar later omgedoopt werd tot Batavia. Indonesiërs waren in zijn ogen '...heidenen, de vijanden van de christenen en van de ware God en derhalve de vijanden van de Nederlanders.' Tot zijn wandaden behoort de moord op ongeveer 15.000 Bandanezen.
Batavia werd een handelspost van de Verenigde Oostindische Compagnie. Het Hollands imperium kwam pas geleidelijk tot stand, met weinig middelen en onder meer dank zij een verdeel- en heerspolitiek. Regelmatig werd er strijd geleverd, onder anderen door prins Diponegoro van Yogjakarta, die van de Nederlanders geen sultan mocht worden. Hij werd door generaal De Kock gevangen genomen, terwijl hij aan het onderhandelen was.
De Nederlanders konden zich handhaven mede dankzij de doorgaans toch loyale medewerking van de vorsten en edelen, die arbeidskracht en opbrengsten van de bevolking konden opeisen, zoals ze dat altijd al hadden gedaan. Ze behielden een groot deel van hun macht en oefenden het dagelijks bestuur uit in hun gebied.